Mazury najlepiej poznawać również od strony wody. Ostoja Dwa Jeziora położona jest na Półwyspie Kal, pomiędzy jeziorami Mamry i Święcajty, w pobliżu Szlaku Wielkich Jezior Mazurskich. To dobra baza wypadowa dla osób, które podczas pobytu chcą połączyć wypoczynek na lądzie z żeglowaniem i odkrywaniem regionu z perspektywy jezior.
Ostoja Dwa Jeziora nie posiada własnego pomostu ani przystani i nie prowadzi sprzedaży czarterów jachtów. Czartery oraz rejsy należy organizować we własnym zakresie u zewnętrznych operatorów działających w Węgorzewie i innych miejscowościach położonych na Szlaku Wielkich Jezior Mazurskich.
W okolicy dostępne są jachty żaglowe, motorówki oraz rejsy po mazurskich jeziorach. Węgorzewo, oddalone od Ostoi o około 5 km, jest jednym z naturalnych punktów rozpoczęcia wodnej przygody i daje dostęp do dalszej części szlaku Wielkich Jezior Mazurskich.
Czarter jachtu może być świetnym uzupełnieniem pobytu zarówno dla doświadczonych żeglarzy, jak i dla osób, które chcą po prostu spędzić dzień na wodzie. Dostępność jednostek, warunki czarteru, ceny oraz wymagane uprawnienia zależą od konkretnego operatora, dlatego najlepiej sprawdzić je bezpośrednio przed planowanym terminem pobytu.
Po dniu spędzonym na jeziorach można wrócić do Ostoi Dwa Jeziora i skorzystać z restauracji Qchnia Dwa Jeziora, strefy SPA, masaży oraz innych atrakcji dostępnych na terenie resortu. Dzięki temu pobyt można łatwo połączyć z żeglarstwem, aktywnym wypoczynkiem i relaksem na Mazurac
